Après avoir été enseignant, libraire, Directeur de Communication des Librairies Clé (il coordonne alors les comités de rédaction du magazine Page, et crée le Petite Page, spécialisé jeunesse) puis Responsable éditorial chez Gallimard Jeunesse (où il est également Rédacteur en chef de la revue Lire et savoir), Thierry Magnier décide en 1998 de créer la maison d’édition qui portera son nom. Le logo, un petit ange lecteur est un écho au personnage de Solange et l’ange, album illustré par Georg Hallensleben et publié chez Gallimard Jeunesse peu de temps avant son départ. C’est naturellement que Thierry demande à Georg de dessiner ce logo, qui représente son idée du lecteur : « Un ange, ça n’a pas de sexe, pas d’âge ».

Pendant deux ans, l’équipe est composée de trois personnes : Thierry, Jérôme Fromageot (associé et Directeur administratif et financier) et Valérie Cussaguet (qui a fait ses armes chez Gallimard Jeunesse et Bayard). Les premiers livres paraissent en 1998 et très vite la maison produit une trentaine de titres par an. Le premier succès vient avec Tout un monde, un imagier de Katy Couprie et Antonin Louchard, véritable « pari » éditorial dont le succès ne s’est jamais démenti et désormais édité dans de nombreux pays.

Les premières collections s’installent et pour faire face à une production de plus en plus foisonnante et exigeante l’équipe s’élargit. Un poste d’assistante éditoriale est créé : c’est Charlotte Goure qui l’occupe. La collection de romans ado s’élargissant perpétuellement, Soazig Le Bail intègre l’équipe. Un poste de chargée de communication est également créé, occupé depuis 2004 par Amélie Annoni.

En juillet 2005, les Éditions Thierry Magnier intègrent le groupe Actes Sud. La direction de Actes Sud Junior est donnée à Thierry. Les deux équipes sont actuellement réunies dans les mêmes locaux, quai de Conti. Elles fonctionnent indépendamment l’une de l’autre, toujours en accord avec leur ligne éditoriale.

Ce sont 75 titres qui sont désormais publiés chaque année dans chaque maison, avec toujours de nouveaux projets de collections de création.